Većina pacijenata u Zavodu za endokrinologiju obrađuje se i liječi ambulantno.

Stacionar je namijenjen bolesnicima kojima je potrebna složenija endokrinološka obrada poput testa gladovanja, pokusa koncentracije urina i pretraga koje uključuju kateterizacije krvožilnog sustava s ciljem selektivnog mjerenja koncentracija hormona.
U stacionarnom dijelu su smješteni i bolesnici neposredno prije i nakon operacije tumora hipofize i, u nekim slučajevima, operacije nadbubrežne žlijezde. 
Bolesnici primljeni putem hitne službe zbog akutnih internističkih bolesti također su smješteni u stacionarnom dijelu.

U okviru Zavoda za endokrinologiju postoje specijalizirane ambulante za:

• Bolesti hipofize
• Bolesti štitnjače
• Bolesti nadbubrežne žlijezde
• Metaboličke bolesti kostiju i osteoporozu
• Šećernu bolest
• Debljinu
• Andrologiju (u suradnji s Klinikom za urologiju)
• Ginekološku endokrinologiju (u suradnji sa Zavodom za ginekološku endokrinologiju i humanu reprodukciju, KBC Zagreb, Petrova)
• Neuroendokrine tumore
• Opća endokrinološka ambulanta